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新たなマップが少しだけ追加される（レジェンズの伏線用）
大きさ制限はあるものの連れ歩きが可能
ポケキャンプかポケパルレみたいなポケモンと触れ合える機能が新たに登場
地下やコンテストの遊び要素が大幅にアップ！主人公の着せ替え、連れ歩きポケモンのちょっとした飾りもある
コンテストの種目を全制覇したポケモンには特別なエフェクトがつけれる（ボールから出てきた時のエフェクト、ボールシールで貼ると反映される）
ボールシールの種類が増え、一度だけボール入れ替えが出来る（プレシャスは不可）
メガシンカ、ダイマックスが使える
（メガシンカ対戦とダイマックス対戦と分かれる）
さかさバトル、トリプルバトルなど過去の対戦方法が復活
バトルタワーだけではなくエメラルドのフロンティアみたいな様々な仕掛けや縛りでのバトル施設が追加（さかさやメガなどの施設もある）
特定のポケモンに乗ると専用のグラで乗れたり、大空を飛ぶが出来たりする（ラプラス、ラティオスみたいな）
スロットの代わりのミニゲームが追加
本体データに剣盾、ポケスナ、ポケクエなど他のポケモンのソフトが入っていると特別な技を覚えたポケモンが出現
新たなボールが追加！
サンボール、コスモボール、スターボール、アイシスボールなど
子供から玄人でもストーリーを楽しめるよう難易度が決められる（イージー、ノーマル、ハード、レジェンドの4つ途中で切り替えられる）
バトルサーチャーやポケトレがなんかすごい便利になる
これならグラはクソでも手のひら返してくれるか？