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・隠れ特性を持ったサンダー、フリーザー、ファイヤー、レジロック、レジアイス、レジスチルはＷＣＳでは出場不可
・その他の隠れ特性に関しては、タマゴで遺伝可能、そもそも隠れ特性が存在しない、未解禁である、マーク付き個体がいないなど様々であるが、２つのルールの違いには影響しない
・第６世代向けに配信された特別な技を持ったポケモン（ヘドロウェーブゲンガーやハッピータイムゲッコウガ等多数）はＷＣＳでは出場不可
・つめとぎ、あなをほる、やきつくす、かたきうち、フラッシュ、むしのていこう、ひみつのちから、グロウパンチ、いあいぎり、かいりき、いわくだき、ダイビングの技マシン、秘伝マシンがＷＣＳでは使用不可（第６世代の教え技はすべて第７世代にも存在する）
・ダブルではレベル５０未満のポケモンはそのままであるが、ＷＣＳでは全員がレベル５０になり、レベル１戦法等ができなくなる
・ダブルに出場可能で、なおかつＷＣＳに出場不可なポケモンはアンノーンのみ
・そのため、ＷＣＳで相手のパーティにアンノーンがいたらその時点で改造確定である
・アンノーンは孵化厳選が不可能な上に、トップメタのランドロスのメイン技を全く受け付けないため使いたがる人も多く、もしアローラマーク付きアンノーンの交換を持ちかけられても絶対に了承してはいけない
まあこんなところかな
ぶっちゃけ大差ないと思う