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・どこでもボックスにアクセス出来る
・秘伝マシン、ライド、笛、全部使える
・自転車がDP並みの速度(曲自由)
・地上秘密基地と地下通路
・6Vメタモンかめざパメタモンしかでないエリアがある
・BPアイテムが1個ずつ落ちてる
・バトルフロンティアが全施設利用可能
・ガンテツボールが買える
・中盤に行くジムの順番が自由
・クリア後に第3伝説に関するストーリーが始まる(エピデルみたいな痛いのではない)
・1バージョンで全てのポケモンが集まる
(過去作マップにその地方の伝説のポケモンが出現)
・過去作の全ての地方でジムバッジ集めができる(悪の組織はない)
・メガストーンが博士から全種類貰える
・ポケウッドとコンテスト
・ソフトを買うとポケモンバンクを2年使える