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その魔王と呼ばれしポケモンは△□のパッケージを飾る2体のポケモン。モンスターボール3個分の枠を持ち、桁外れの合計種族値（1000超え）を誇る
中世、今までポケモンをこき使ってきた人間共を自らの手で奴隷にし、ポケモンと人間の主従関係を逆転させたのであった。ところが人間たちは高い知恵によって高度な技術を生み出し、ポケモンに抵抗した。そして3匹の法を司るポケモンたちが人間に加担したため、人間革命が起こると魔王は異次元の彼方へ追放されてしまい、旧世界における文献をほぼ全て焼き尽くした
それから何年もの時が過ぎた現代
ある日、魔王がかつて住んでいたと言われている古い宮殿に訪れた。ほとんどの書物が人間のものに置き換わっていたが、古い地下の書庫が発見されると、旧世界に関する文献が大量に発掘された
通りすがった彼らはそれを見て祖先の魂からフラッシュバックが起こった。また、周囲のポケモンも謎のフラッシュバックを起こした。「ここで人間を再び消滅させねば、未だに人間たちのいいなりだ」と血が語りかけたのである
司令官四人衆「タキオン・カルテット（TQ）」はポケモンたちを組織し、環境破壊を繰り返す人間共に、ついに反旗を翻したのである
人間の技術よりも遥かに高度な能力によって時空を捻じ曲げ、かつてこの世に現れ圧政を敷いて人間革命が起こるまでポケモンが支配する世、即ち旧世界を築いた魔王と呼ばれしポケモンを復活させるのであった
主人公。冴えない少年（少女）だが、今日からこの地方に引っ越し、学園に入学することになった。この学園は3匹の法を司るポケモンによって守られており、人間革命の象徴とされている名門校である